世界大戰在尤里被流放到侏羅紀時代之后逐漸平息。戰亂帶來的損失令世界承受了極重的負擔。經過多次談判之后，世界達成聯盟條約，組建世界上唯一的軍事聯盟組織，各國軍隊也統一更名為聯盟軍，承擔維護世界和平的責任。隨之而來的長達數十年的和平安定。

然而邪惡在陽光之下悄然滋生。一日夜里，盟軍總基地受到猛烈的軍事打擊，隨之而來的是在全世界爆發戰爭。民眾流離失所，在諸多盟軍指揮官的帶領下于世界各地尋找避難所。忽而一天，全世界的盟軍指揮官們都收到了一封加密郵件，郵件向世界宣告，我們共同的敵人，尤里，又回來了。自此，一場迎擊尤里、守衛家園的保衛戰正式打響……